La factura electrónica para fisioterapeutas es obligatoria en España desde 2026 a través de dos normativas: VeriFactu (Ley Antifraude), que exige que cada factura tenga código QR, firma digital y trazabilidad con Hacienda, y la Ley Crea y Crece, que regula la facturación electrónica entre empresas. Para fisioterapeutas autónomos, VeriFactu es obligatorio desde el 1 de julio de 2026; para sociedades (S.L.), desde enero de 2026. Esto significa que ya no se puede facturar con Excel, Word ni programas no homologados — necesitas un software de facturación certificado. Los fisioterapeutas exentos de IVA (artículo 20.1.3 de la Ley del IVA) igualmente deben cumplir con VeriFactu, ya que la obligación aplica a todas las facturas independientemente del régimen de IVA. Para prepararte necesitas: un certificado digital de la FNMT (gratuito), un software compatible y menos de una hora de configuración.
VeriFactu vs Ley Crea y Crece: ¿cuál te afecta?
Antes de entrar en detalle, es importante entender que estamos hablando de dos normativas distintas con objetivos diferentes, aunque ambas comparten la meta de digitalizar y controlar la facturación en España.
VeriFactu: el sistema antifraude de Hacienda
VeriFactu es el sistema de verificación de facturas impulsado por la Agencia Tributaria (AEAT) como desarrollo de la Ley 11/2021, conocida como Ley Antifraude. Su objetivo principal es acabar con la doble contabilidad y los programas de facturación que permiten alterar o eliminar registros sin dejar rastro.
En la práctica, VeriFactu exige que tu software de facturación cumpla con una serie de requisitos técnicos muy concretos:
- Certificación del software: el programa que uses debe estar homologado y cumplir con el reglamento técnico aprobado por la AEAT.
- Encadenamiento de registros (hash chain): cada factura genera un registro encadenado al anterior mediante funciones criptográficas, lo que hace imposible modificar o borrar una factura sin que se detecte.
- Firma electrónica: cada registro de facturación debe ir firmado digitalmente para garantizar su autenticidad e integridad.
- Código QR verificable: todas las facturas deben incluir un código QR que permita comprobar su registro ante la AEAT.
- Comunicación con la AEAT: el software puede enviar los registros de forma automática a Hacienda (modalidad VeriFactu) o conservarlos para entregarlos bajo demanda (modalidad no VeriFactu).
Lo más importante: VeriFactu afecta a todos los empresarios y profesionales que emitan facturas en España, incluidos los fisioterapeutas. No importa tu volumen de facturación ni el tamaño de tu clínica. Si emites facturas, tu software debe cumplir. Si quieres profundizar en los detalles técnicos de VeriFactu, hemos preparado una guía específica sobre VeriFactu para fisioterapeutas.
Ley Crea y Crece: factura electrónica entre empresas
La Ley 18/2022, de Creación y Crecimiento de Empresas (conocida como Ley Crea y Crece) introduce una obligación diferente: la facturación electrónica obligatoria en las relaciones comerciales entre empresas y profesionales (B2B). Es decir, cuando una empresa o autónomo factura a otra empresa o autónomo, esa factura deberá emitirse, transmitirse y recibirse en formato electrónico estructurado.
¿Cómo afecta esto a un fisioterapeuta? Depende de tu modelo de negocio:
- Si facturas directamente a tus pacientes (personas físicas): la Ley Crea y Crece tiene un impacto limitado, ya que la obligación de factura electrónica B2B no se aplica a las relaciones con consumidores finales. Sin embargo, VeriFactu sí te afecta plenamente.
- Si facturas a compañías aseguradoras, mutuas o empresas: la Ley Crea y Crece te obliga a emitir facturas electrónicas en formato estructurado (como Facturae) a esos destinatarios empresariales. Esto es habitual en clínicas que trabajan con aseguradoras de salud o que prestan servicios de fisioterapia a empresas. Si trabajas con mutuas, consulta nuestra guía de facturación a mutuas y aseguradoras en fisioterapia.
- Si subcontratas servicios con otros profesionales o clínicas: las facturas entre profesionales también estarán sujetas a la obligación de factura electrónica B2B.
En resumen: VeriFactu te afecta sí o sí como fisioterapeuta. La Ley Crea y Crece te afecta en la medida en que factures a otras empresas, aseguradoras o profesionales. En la práctica, la mayoría de clínicas de fisioterapia deben cumplir con ambas normativas.
¿Los fisioterapeutas están exentos de IVA... y de factura electrónica?
Este es uno de los malentendidos más extendidos en el sector. Los servicios de fisioterapia prestados por profesionales sanitarios están exentos de IVA según el artículo 20 de la Ley del IVA. Muchos fisioterapeutas asumen que, al no repercutir IVA en sus facturas, están exentos también de las obligaciones de facturación electrónica. Esto es completamente incorrecto.
La exención de IVA afecta exclusivamente al impuesto que se repercute al cliente. No tiene ninguna relación con la obligación de emitir facturas ni con los requisitos técnicos que debe cumplir tu software de facturación. Lo que VeriFactu y la Ley Crea y Crece regulan es cómo se generan, registran y transmiten las facturas, no el tipo impositivo que llevan.
Si eres fisioterapeuta autónomo y te preocupa cómo adaptarte a estos requisitos, te recomendamos nuestra guía de gestión de clínica de fisioterapia para autónomos, donde abordamos la facturación como parte de una gestión integral.
Dicho de otro modo:
- Aunque tus facturas lleven IVA al 0% por exención sanitaria, sigues estando obligado a emitir facturas.
- Esas facturas deben generarse con un software homologado que cumpla con VeriFactu.
- Si facturas a empresas o aseguradoras, esas facturas deberán ser electrónicas en formato estructurado.
- Tus facturas deben incluir código QR, hash encadenado y firma electrónica, exactamente igual que las de cualquier otro profesional.
No dejes que la exención de IVA te lleve a una falsa sensación de seguridad. Ante Hacienda, tus obligaciones de facturación son las mismas que las de cualquier empresa o autónomo.
Calendario de obligaciones 2026-2027
Las fechas se han ido concretando a lo largo de los últimos meses y ya tenemos un calendario bastante claro. Estas son las fechas clave que debes marcar:
- 1 de julio de 2026: los fabricantes y desarrolladores de software de facturación deben tener sus productos adaptados y certificados conforme a los requisitos técnicos de VeriFactu. A partir de esta fecha, el software que adquieras o utilices debería cumplir con la normativa.
- 1 de enero de 2027: entra en vigor la obligación para todos los empresarios y profesionales de utilizar software de facturación que cumpla con VeriFactu. A partir de esta fecha, usar un programa no homologado constituye una infracción tributaria.
- Primer semestre de 2027 (previsto): empresas con facturación superior a 8 millones de euros deben cumplir con la facturación electrónica B2B de la Ley Crea y Crece. Aunque este umbral no afecta a la mayoría de clínicas de fisioterapia, es relevante si facturas a grandes empresas o aseguradoras que sí estarán obligadas.
- 2027-2028: se espera que la obligación de factura electrónica B2B se extienda progresivamente al resto de empresas y profesionales, independientemente de su facturación.
El mensaje es claro: no esperes a enero de 2027. El periodo de adaptación real empieza ahora. Si necesitas cambiar de software, migrar datos y formar a tu equipo, necesitas meses de margen, no semanas.
¿Qué necesita tu software de facturación?
Con dos normativas convergiendo, tu software de facturación debe cumplir con una serie de requisitos técnicos bastante específicos. Antes de elegir o confirmar que tu programa actual es válido, comprueba que cumple con lo siguiente:
- Certificación y homologación: el software debe estar adaptado a los requisitos del reglamento VeriFactu y el fabricante debe poder acreditarlo. Pregunta directamente a tu proveedor si su software está certificado.
- Encadenamiento de registros (hash chain): cada factura genera un registro vinculado criptográficamente al anterior, creando una cadena inalterable. Si alguien intenta modificar o eliminar un registro intermedio, la cadena se rompe y la irregularidad queda expuesta.
- Firma electrónica: los registros de facturación deben ir firmados digitalmente. Tu software se encarga de esto de forma automática, pero es un requisito técnico que debe estar implementado.
- Código QR: cada factura emitida debe incluir un código QR que enlace con los sistemas de la AEAT para que el receptor pueda verificar que la factura está registrada.
- Comunicación con la AEAT: el software debe poder enviar los registros de facturación a la Agencia Tributaria, ya sea de forma automática (modalidad VeriFactu) o bajo demanda.
- Gestión de facturas rectificativas: cuando necesites corregir una factura, el software debe generar una factura rectificativa que quede vinculada al registro original, manteniendo la trazabilidad completa.
- Formato de factura electrónica estructurada: para cumplir con la Ley Crea y Crece en las operaciones B2B, el software debe poder generar facturas en formato Facturae u otro formato electrónico estandarizado aceptado.
Si tu software actual no cumple con todos estos puntos, necesitas actuar. Y si todavía estás gestionando tus facturas con Excel, Word o herramientas manuales, el cambio es urgente: esos métodos dejarán de ser válidos a partir de enero de 2027. Si tu presupuesto es limitado, existen opciones de software de fisioterapia gratuitas que ya incluyen facturación adaptada a la normativa.
Cómo prepararte sin complicaciones
Sabemos que como fisioterapeuta tu prioridad es atender a tus pacientes, no convertirte en un experto en normativa fiscal. Por eso te proponemos un plan de acción sencillo, paso a paso, para que puedas cumplir con la normativa sin que se convierta en un dolor de cabeza.
Paso 1: Audita tu sistema actual de facturación
Empieza por hacerte estas preguntas:
- ¿Qué herramienta uso actualmente para generar facturas? ¿Es un software de gestión, una hoja de cálculo o un documento de texto?
- ¿Mi proveedor de software ha comunicado oficialmente que su producto cumple con VeriFactu?
- ¿Puedo generar facturas electrónicas en formato estructurado (Facturae)?
- ¿Mi sistema genera numeración correlativa inalterable?
Si la respuesta a cualquiera de estas preguntas es negativa o dudosa, ya sabes que necesitas hacer cambios.
Paso 2: Elige un software que cumpla con ambas normativas
Este es el paso más importante. No te conformes con un programa que solo cumpla con VeriFactu: busca una solución que también soporte facturación electrónica B2B para estar cubierto ante la Ley Crea y Crece. Y si puede ser un software específico para clínicas de fisioterapia, mucho mejor, porque así no tendrás que usar un programa para la gestión clínica y otro distinto para la facturación. Consulta nuestra guía de precios de software de fisioterapia para comparar el coste real de cada opción.
Las características clave que debes buscar son:
- Certificación VeriFactu confirmada por el fabricante.
- Generación de facturas electrónicas en formato Facturae.
- Código QR automático en cada factura.
- Envío de registros a la AEAT integrado.
- Gestión de facturas rectificativas.
- Funcionalidades de gestión clínica: agenda, historiales, comunicación con pacientes.
Paso 3: Planifica la migración de datos
Si vas a cambiar de software, necesitas trasladar la información de tus pacientes, tu histórico de facturas y tus datos clínicos. Planifica esta transición con calma:
- Exporta los datos de tu sistema actual en el formato que permita (CSV, Excel, etc.).
- Importa los datos en la nueva plataforma y verifica que todo se ha trasladado correctamente.
- Mantén una copia de seguridad de tu sistema antiguo durante al menos seis meses.
- Elige un periodo de baja actividad en tu clínica para hacer la transición (agosto o Navidad suelen ser buenas opciones).
Paso 4: Prueba el sistema antes de la fecha límite
No actives el nuevo sistema el 31 de diciembre de 2026 esperando que todo funcione a la primera. Empieza a usarlo con al menos dos o tres meses de antelación para:
- Familiarizarte con la interfaz y el flujo de trabajo.
- Detectar posibles errores en la configuración.
- Formar a tu equipo (recepcionistas, administrativos, otros fisioterapeutas).
- Resolver dudas con el soporte técnico del proveedor antes de que sea urgente.
Paso 5: Coordínate con tu asesor fiscal
Tu gestor o asesoría debe saber qué software vas a utilizar y cómo se integra con sus procesos de presentación de impuestos. Comunícale el cambio con anticipación y asegúrate de que la información que genera tu programa es compatible con su forma de trabajar. Una mala coordinación entre tu software y tu asesoría puede generar errores en las declaraciones trimestrales.
Preguntas frecuentes
¿Puedo seguir usando Excel para mis facturas?
No, a partir de enero de 2027. La normativa VeriFactu exige que las facturas se generen con un software homologado que cumpla con los requisitos técnicos del reglamento: encadenamiento de registros, firma electrónica, código QR y comunicación con la AEAT. Una hoja de cálculo no puede cumplir con ninguno de estos requisitos. A partir de la fecha de entrada en vigor, emitir facturas con Excel, Word o cualquier herramienta no certificada será considerado un incumplimiento sancionable.
¿Cuáles son las sanciones por no cumplir?
Las sanciones son considerables y se aplican tanto a los fabricantes de software como a los usuarios:
- Para los fabricantes de software: hasta 50.000 euros por cada ejercicio en el que comercialicen un programa que no cumpla con los requisitos técnicos.
- Para los usuarios (empresas y autónomos): utilizar un software no homologado constituye una infracción tributaria que puede acarrear sanciones económicas, además de las consecuencias derivadas de posibles irregularidades en la facturación detectadas a raíz de una inspección.
No es un riesgo que merezca la pena asumir, especialmente cuando adaptarse a la normativa es sencillo si eliges el software adecuado.
¿Necesito un certificado digital para cumplir?
La firma electrónica de los registros de facturación es un requisito técnico de VeriFactu, pero no necesitas obtener ni gestionar un certificado digital de forma manual. Los programas de facturación homologados se encargan de la firma electrónica de los registros de forma automática y transparente para el usuario. Tú simplemente emites tus facturas como siempre y el software se encarga del resto entre bastidores.
¿Qué diferencia hay entre factura electrónica y factura en PDF?
Una factura en PDF es simplemente un documento visual: una imagen de la factura que puedes enviar por email o imprimir. Una factura electrónica es un archivo en formato estructurado (como Facturae o UBL) que contiene los datos de la factura en un formato que los sistemas informáticos pueden leer y procesar automáticamente. La Ley Crea y Crece exige facturas electrónicas estructuradas en las operaciones B2B, no simples PDF.
¿Y si solo tengo unos pocos pacientes y facturo poco?
El volumen de facturación es irrelevante. VeriFactu se aplica a todos los empresarios y profesionales que emitan facturas, independientemente de si facturas 500 euros al mes o 50.000. No hay un umbral mínimo de facturación que te exima del cumplimiento. Si emites una sola factura, debe generarse con un software que cumpla con la normativa.
¿Las sesiones de fisioterapia están exentas de IVA?
Sí. Los servicios de fisioterapia prestados por profesionales colegiados están exentos de IVA según el artículo 20.1.3º de la Ley 37/1992 del IVA, al considerarse asistencia sanitaria. Esto significa que no repercutes IVA en tus facturas a pacientes. Sin embargo, la exención de IVA no te libra de cumplir con VeriFactu ni con la factura electrónica: sigues obligado a emitir facturas con software homologado y a presentar declaraciones fiscales (modelo 303 con resultado cero y modelo 390). Además, al estar exento, no puedes deducir el IVA de tus gastos (alquiler, material, equipamiento), lo que es un coste real que muchos fisioterapeutas no tienen en cuenta. Consulta nuestra guía de gastos deducibles para fisioterapeutas para optimizar tu fiscalidad.
Conclusión
La factura electrónica en España ya no es un proyecto futuro: es una realidad con fechas concretas y consecuencias tangibles para quien no se prepare a tiempo. Como fisioterapeuta, te afectan dos normativas simultáneamente: VeriFactu (que exige un software de facturación homologado para todos) y la Ley Crea y Crece (que impone la factura electrónica en las operaciones entre empresas y profesionales).
La exención de IVA en los servicios sanitarios no te libra de ninguna de estas obligaciones. Los plazos son claros: julio de 2026 para que el software esté listo, enero de 2027 para que lo uses obligatoriamente. Y las sanciones por incumplimiento no son menores.
La buena noticia es que adaptarte no tiene por qué ser complicado. Con un plan de acción claro, eligiendo un software que cumpla con ambas normativas y coordinándote con tu asesoría fiscal, puedes tener todo resuelto en cuestión de semanas. Además, la transición a la facturación electrónica es una oportunidad excelente para digitalizar y modernizar la gestión de tu clínica en todos los ámbitos. Y ya que estás revisando tu cumplimiento normativo, no dejes de consultar nuestra guía de RGPD para clínicas de fisioterapia, otra obligación que conviene tener al día.
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